با قدرت یافتن صفویان در ایران، دومین دوره از روند تحول اندیشه سیاسی تشیع در عصر غیبت آغاز شد. استقرار دولت شیعی صفوی مجالی را برای متفکران شیعه در جهت بالندگی اجتماعی و سیاسی فراهم آورد تا مقوله رابطه دین و دولت ـ نه فقط دین و سیاست ـ به‌صورت مشخص‌تری از دوره‌های پیشین مورد توجه قرار گیرد. پیدایش دولت صفوی به‌عنوان نخستین حکومت تمام‌عیار و مستقل شیعی،‌ چالش جدیدی را در میان دانشوران شیعه شکل داد. از سویی تاریخ شیعه به یکی از آرمان‌های اساسی خویش، یعنی یک قلمرو و دولت واحد شیعی، دست یافته بود؛ ‌ولی از سوی دیگر مسئله مشروعیت این حکومت، به‌صورت جدی مطرح بود؛‌ چرا که حقانیت یک حکومت شیعی در گرو معصوم بودن حاکم آن دانسته می‌شد.
با ظهور صفویان، شیعه در برابر پرسش تازه‌ای قرار گرفت و آن این‌که آیا می‌توان حکومت غیرمعصوم، هرچند شیعه، سید و عادل، ‌را حکومت شرعی دانست؟ در این مورد جدال در میان عالمان و فقیهان درگرفت. در یک دوره نه چندان کوتاه، سه نظریه شکل گرفت. بعضی عزلت‌نشینی را برگزیدند و اعتقاد داشتند هم‌چنان هر سلطان غیر معصوم، جائر است و هر نوع همکاری با چنین حکومتی حرام است. بعضی دیگر قائل بودند باید بین سلطان عادل و جائر فرق قائل شد،؛ با سلطان عادل می‌توان همکاری کرد و گروهی دیگر قدرت و حکومت پادشاه عادل را مشروع می‌دانستند.

صوت نشست مجازی از تشیع و اندیشه سیاسی با موضوع «اندیشه سیاسی شیعه در دوره صفوی (علامه مجلسی)» با حضور ابوالفضل سلطان‌محمدی را بشنوید.